Kantor Kementerian Agama Kabupaten Jember mempunyai stuktur organisasi yakni sebagai berikut :
Bertugas melakukan penyiapan bahan koordinasi penjabaran kebijakan teknis dan kegiatan, pelayanan urusan persuratan, administrasi perencanaan, kepegawaian, keuangan dan barang milik negara, keorganisasian dan ketatalaksanaan, penyusunan keputusan, kerumahtanggaan, kearsipan, hubungan masyarakat, serta publikasi, data dan informasi.
Bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan raudlatul athfal, madrasah ibtidaiyah, dan madrasah tsanawiyah.
Bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan diniyah, diniyah takmiliyah, kesetaraan, Al-Quran, dan pondok pesantren.
Bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan agama Islam pada pendidikan anak usia dini, sekolah dasar atau sekolah dasar luar biasa, sekolah menengah pertama atau sekolah menengah pertama luar biasa, sekolah menengah atas atau sekolah menengah atas luar biasa, dan sekolah menengah kejuruan.
Bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendaftaran dan pembatalan haji, bimbingan manasik, bina haji reguler, penyelenggara haji khusus dan umrah, transportasi dan dokumen haji reguler, serta administrasi keuangan haji.
bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang urusan agama Islam dan bina syariah, bina kantor urusan agama dan keluarga sakinah, serta penerangan agama Islam.
Bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pemberdayaan zakat dan wakaf.
Bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang urusan agama Katolik, pendidikan agama, dan pendidikan keagamaan Katolik.
Bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang urusan agama Kristen, pendidikan agama, dan pendidikan keagamaan Kristen